BioMaster测试：AI生信分析的demo体验
从去年吴恩达提出agent（智能体）将有广阔前景，到dify等开源智能体以及Manus（多智能体应用）的迅速走红，AI智能体已经步入多智能体时代，其应用也日趋成熟。最近，我对两个AI方向产生了浓厚兴趣，一个是GUIAgent，比如GLMPC和字节开源的UI-TARS等，不过这些还处于初级阶段。我关注这个领域是因为希望能将一些相对简单的日常工作交由AI处理。另一个方向与前者有一定的交叉，就是生信分析的智能体。我希望生信分析能惠及每个人，只要有足够的硬件支持，AI就能在标准分析框架下完成分析，提升数据分析
从去年吴恩达提出agent（智能体）将有广阔前景，到dify等开源智能体以及Manus（多智能体应用）的迅速走红，AI智能体已经步入多智能体时代，其应用也日趋成熟。最近，我对两个AI方向产生了浓厚兴趣，一个是GUI Agent，比如GLM PC和字节开源的UI-TARS等，不过这些还处于初级阶段。我关注这个领域是因为希望能将一些相对简单的日常工作交由AI处理。
另一个方向与前者有一定的交叉，就是生信分析的智能体。我希望生信分析能惠及每个人，只要有足够的硬件支持，AI就能在标准分析框架下完成分析，提升数据分析的可重复性，推动科学的发展与进步。国内也有专家测试了多智能体的生信分析，今天我将进行一次测试。
软件安装于今年一月份上传到了生物预印本服务器，相信未来的更新文章也将在这种预印本上发布，因为在AI领域已经形成这样的趋势。一个项目需要上百人的团队和强大的硬件支持，仅有两周的时间就必须完成一篇论文，否则就会被同行抢先发表！这也提醒我们，合作的重要性以及科研评价未来的改变方向。
软件已有不少博客等进行了介绍，起初发现作者没有提供使用文档，所以暂时没有进行测试。最近作者更新了文档，并准备近期发布新版本，于是我决定进行测试。
按照官方的文档进行安装，还是比较顺利的，除了软件下载花费的时间。
代码语言：javascript 代码运行次数：0
运行 复制 ```javascript # 克隆软件仓库 git clone https://ghfast.top/https://github.com/ai4nucleome/BioMaster.git cd BioMaster # 激活以前安装的conda source ~/miniconda3/bin/activate # 据说现在miniforge是主流，不过我还是用了mamba创建虚拟环境 mamba create -n agent python=3.12 -y # 激活环境 conda activate agent # 安装依赖 pip install -r requirements.txt # 放入data的demo数据 # 链接: https://pan.baidu.com/s/1t9I63lucrjdWjSK09NVxwQ?pwd=ai4s 提取码: ai4s # 填入API key后运行 python run.py ```demo测试的一波三折 首先使用了国产之光deepseek的API，发现其代码能力已经接近claude 3.7，但无奈发现不行。接着尝试了一个三方供应商，结果仍然不行。最后，看到作者使用的是一个特定的三方供应商，于是决定用同样的再测试一下，终于成功运行了。在cline插件的引导下，发现软件使用了多个模型，不是简单的修改run.py就可以，有o3-mini、gpt-4o和text-embedding-ada-002。这些模型都是硬编码在agents/BioMaster.py、agents/CheckAgents.py和ToolAgent.py中，根据名称可以分辨出是专家、检查和执行三个角色的分工。不同的角色使用不同的模型，以达到成本最优化。
软件的另一个优势是，如果不是新任务，会自动有存档，切换运行模式，就像搭建流程和运行流程两种工作。当然，目前的AI更多还是在应用已有知识，所以新流程和软件的开发还有待于专家的推动。
复盘：AI对我的电脑做了什么 首先，看一下软件的安装，虽然我已经有了plink，还是安装了新的。后续应该有待改进，未来的软件安装不需要太多干预！
代码语言：javascript 代码运行次数：0
运行 复制 ```javascript # step1.sh #!/bin/bash which python conda config --set show_channel_urls false conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda mkdir -p ./output/007 conda install -y plink plink --bfile ./data/1000GP_pruned --r2 --ld-window 99999 --out ./output/007/ld_decay_results ```然后，看一下分析结果，结果是顺利输出的，软件安装可能是conda的检索耗时较长，花了十几分钟。
费用情况，注册送了0.3美元，以为不够，充值了一两块，发现整个任务花费了0.03美元，当然如果是复杂任务会花费更多！期待更智能的分析框架的出现！
附上大佬收集的bioagent论文全集仓库：https://github.com/aristoteleo/awesome-bioagent-papers DOI: 10.1101/2025.01.23.634608
IntelliJ IDEA 是 JetBrains 推出的专业集成开发环境，重点服务于 Java、Kotlin 与 JVM 项目开发。软件集成代码补全、静态检查、重构、调试、测试、版本控制及构建工具，并可借助插件扩展语言和框架支持。
JetBrains PyCharm 是面向 Python 开发者的集成开发环境，提供智能补全、代码检查、重构、调试、测试、版本控制及虚拟环境管理功能。Mac 版兼容 Intel 与 Apple 芯片，核心功能可免费使用。
JetBrains WebStorm 是面向 JavaScript、TypeScript 和现代 Web 技术的专业集成开发环境，可智能理解项目结构，提供代码补全、重构、错误检查、运行调试、测试及 Git 工具。
Adobe After Effects 是面向动态图形、影视特效与视频合成的专业创作软件。它提供关键帧动画、遮罩抠像、运动跟踪、三维空间、文字动画和表达式等工具，并可与 Premiere Pro、Photoshop、Illustrator
Adobe Audition 是面向播客、影视后期、音乐制作及内容创作者的专业音频工作站，提供波形精修、多轨录制与混音、频谱编辑、降噪修复、响度匹配和效果处理工具，并可与 Adobe Premiere 协同完成视频声音制作。
Adobe Bridge 是面向摄影师、设计师及内容团队的免费数字资产管理工具，可集中预览照片、视频和 Adobe 项目文件，并利用评级、标签、关键词、元数据、筛选与收藏集完成分类检索。它还支持批量重命名、格式导出、相机导入及 Camera
Adobe Illustrator 是 Adobe 推出的专业矢量图形设计软件，适合在 Mac 上制作标志、图标、插画、包装、信息图及印刷版面。它以路径和锚点构建可无损缩放的图形，并提供钢笔、形状、文字、图像描摹、渐变、画板及生成式功能。
Adobe InDesign 是面向印刷品与数字出版物的专业版面设计软件，可在 Mac 上制作书籍、杂志、宣传册、海报、报告及交互式文档。它提供精细的文字样式、网格、母版、长文档管理和印前输出能力。
Adobe Lightroom Classic 是面向桌面摄影工作流的照片管理与后期处理软件，可将原始照片保存在本地硬盘，通过目录、关键词、评分和收藏夹高效整理图库，并提供 RAW 冲印、蒙版、镜头校正、批量同步及多格式导出等功能。
Adobe Media Encoder 是 Adobe 推出的专业音视频编码与转码工具，可通过队列、预设和监视文件夹批量完成格式转换、代理文件创建及多平台成片输出，并与 Premiere Pro、After Effects 等软件紧密协作。
Adobe Photoshop 是面向摄影师、设计师和内容创作者的专业图像处理软件，提供图层、蒙版、选区、修复、调色、文字排版、智能对象及生成式编辑等能力。Mac 版支持 Intel 与 Apple Silicon 处理器。
Adobe Premiere Pro 是面向专业视频制作的非线性剪辑软件，提供多轨时间线、调色、音频处理、字幕、代理工作流和多格式输出能力，并可与 After Effects、Audition、Photoshop 及 Frame.io 协同
JetBrains IntelliJ IDEA 是以 Java、Kotlin 和 JVM 项目为核心的专业集成开发环境，提供智能补全、代码检查、安全重构、调试、测试、版本控制及构建工具集成。统一发行版的核心功能可免费用于商业和非商业项目，
PhpStorm 是 JetBrains 面向 PHP 与现代 Web 开发打造的专业集成开发环境，提供代码补全、静态检查、重构、调试、测试、数据库、版本控制及前端语言支持。Windows 用户可直接下载安装程序，
PyCharm 是 JetBrains 推出的 Python 集成开发环境，提供智能代码补全、错误检查、重构、调试、测试、Git、终端及 Jupyter Notebook 支持。统一版安装后可体验 30 天 Pro 功能，
WebStorm 是 JetBrains 面向 JavaScript、TypeScript 和现代 Web 技术打造的集成开发环境。它提供项目级代码分析、智能补全、安全重构、导航搜索，并集成调试、测试、终端、Git 与常用前端工具，
Adobe Photoshop 是面向摄影师、设计师和内容创作者的专业图像处理工具，可在 Windows 上完成照片修饰、选区抠图、图层合成、文字排版、绘画及生成式编辑。软件采用订阅授权，由 Creative Cloud 管理安装、更新与许
Adobe InDesign 是面向印刷与数字出版的专业页面排版工具，可制作书籍、杂志、宣传册、海报、交互式 PDF 和电子书。它提供精细的文字样式、多页面管理、印前检查及多格式输出能力，并能与 Photoshop、Illustrator
Adobe Illustrator 是用于绘制矢量图形、插画、图标、徽标和版式的专业设计工具。它以路径和锚点为核心，作品放大后仍能保持清晰，并提供画板、文字、渐变、图像描摹及精确变换等功能，适合品牌视觉、印刷物料、数字界面和商业插画创作。
Adobe Bridge 是 Adobe 推出的创意资产管理工具，可集中预览、分类和查找照片、视频、PDF及多种设计文件，并支持元数据、关键词、评级、批量重命名和格式导出。它可与 Photoshop、Illustrator 等应用衔接，
Adobe Lightroom Classic 是面向 Windows 桌面摄影工作流的照片管理与无损编辑工具，可通过目录集中整理大型图库，并完成 RAW 显影、局部蒙版、批量调整、打印和多格式导出。它强调本地文件管理与精细控制，
Adobe Acrobat Pro 是面向专业 PDF 工作的综合解决方案，可在 Windows 中创建、编辑、转换、比较、整理和保护文档，并支持表单、电子签名、扫描件文字识别及敏感信息永久遮盖。订阅还包含网页、移动服务和云端协作能力，
Adobe After Effects 是面向动态图形、动画与影视视觉特效制作的专业工具，可完成关键帧动画、图层合成、遮罩跟踪、抠像、文字动画和二维三维元素整合。Windows 版通过 Adobe Creative Cloud 安装及更新，
Adobe Media Encoder 是 Adobe 面向视频与音频制作流程提供的专业编码和转码工具，可批量处理媒体文件、创建代理、套用输出预设并监控文件夹自动执行任务。它与 Premiere、After Effects、Audition